В те времена когда Япония стремилась полностью отгородиться от остального мира, остров Дэдзима был территорией, где сходились Европа и Азия. Более двух столетий крошечный остров Дэдзима в нагасакской гавани был единственным уголком Японии, открытым для европейцев. Впрочем, и здесь привечали не всех - бросать якорь у Дэдзимы позволялось исключительно голландским судам. В 1570 году под руководством местного феодала Омуры Сумитады начались работы по превращению порта в международный торговый центр для иностранных судов. Это решение было принято в связи с завозом христианства и оружия с Запада. В 1641 году Сёгунат Эдо отрезал Японию от внешнего мира, начался период изоляции, продлившийся более 200 лет, но оставалось исключение—Нагасаки было разрешено служить единственным окном во внешний мир.  В 1634-1636 годах в гавани был отсыпан крохотный (1,31 га) островок, получивший название Дэдзима. Остров был примерно 120 м в длину и 75 метров в ширину и возвышался над уровнем моря на 1–2 метра. Деньги на строительство предоставили 25 торговых домов Японии, поддерживавших деловые контакты с европейскими купцами. Остров был соединен с берегом небольшим мостом. На Дэдзиме и была основана португальская торговая фактория, куда переселили всех португальцев, обосновавшихся в тех или иных городах страны. Но существование португальской фактории на острове было очень недолгим. Дело в том, что за португальскими и испанскими купцами всегда следовали католические проповедники, весьма настойчиво обращавшие в "истинную" веру аборигенов.